深き地の底へ続く謎の迷宮が突如出現！にゃんこ調査団を結成し、最深部へ到達しよう！
地底迷宮は数多のステージが連なり奥深くへ続いていくマップです。イベント期間中は全国の調査団でランキングが行われ、最終順位に応じて様々な報酬をゲットできます。

地底迷宮では、イベント開催毎にランダムでステージの内容が変わり、挑戦前に登場する敵を確認できます。
専用の「調査団」スロットにキャラクターを10体編成することで、地底迷宮のステージに挑むことができます。
ただし、イベント期間中にクリアしたステージは再挑戦することができなくなります。

地底迷宮では、戦闘に勝利・敗北・途中離脱するたびに、一部の編成キャラクターがランダムで罠にかかります。イベント期間中、罠にかかったキャラクターは地底迷宮のステージ挑戦時に編成できなくなります。
罠にかかったキャラクターの中から救出するキャラクターを選ぶことができる場合もあります。
罠にかからなかったり、罠から救出した編成キャラクターはスロットから外すことができません。

地底迷宮のランキングでは、「マップの進行度」「編成可能な残りのキャラクター数」を指標にして暫定順位が決定します。
イベント期間終了後、ランキング上位に入った調査団には「勲章」が贈られます。今までにゲットした勲章の種類と個数はにゃんこクラブの会員カードに記録されます。

・暫定順位
戦闘終了後に表示される暫定順位は非表示にすることができます。
連続で地底迷宮のステージを挑戦する場合、画面上部のチェックボックスにチェックを入れると次のステージ挑戦時から非表示に切り替わります。
非表示後は、ネコ基地画面から暫定順位を確認できます。
チェックは、地底迷宮のネコ基地から離れるとリセットされます。

・自動編成
地底迷宮では通常の自動編成とは異なり、出現する敵を考慮せずキャラクターがランダムで自動的に編成されます。